กล้องจุลทรรศน์อินฟราเรดเป็นอุปกรณ์เฉพาะทางที่ใช้รังสีอินฟราเรดในการตรวจจับและวิเคราะห์สิ่งแปลกปลอมและสิ่งเจือปนภายในวัสดุแบบไม่ทำลาย ใช้ในการควบคุมคุณภาพในอุตสาหกรรมการผลิต สำหรับตรวจสอบเศษโลหะในผลิตภัณฑ์พลาสติก สิ่งแปลกปลอมในผลิตภัณฑ์ยาง ข้อบกพร่องภายในชิ้นส่วนอิเล็กทรอนิกส์ และวิเคราะห์สิ่งเจือปนในยาและผลิตภัณฑ์เคมี สามารถระบุโครงสร้างภายในและความแตกต่างของส่วนประกอบที่มองไม่เห็นด้วยแสงธรรมดาผ่านการวิเคราะห์สเปกตรัมอินฟราเรด โดยรุ่นหลักมาพร้อมฟังก์ชัน FT-IR (Fourier Transform Infrared Spectroscopy) เชี่ยวชาญในการระบุสิ่งแปลกปลอมประเภทอินทรีย์ที่ยากต่อการตรวจจับด้วยกล้องจุลทรรศน์แสงหรืออุปกรณ์ตรวจสอบด้วยรังสีเอกซ์ และสามารถวิเคราะห์ส่วนประกอบอย่างละเอียดโดยไม่ทำลายคุณสมบัติทางเคมีของวัสดุ